拥有陕西省果蔬深加工工程技术研究中心、陕西省食品绿色加工与安全控制工程实验室、中俄食品与健康科学国际联合研究中心、陕西省农产品贮藏加工危害因子风险评估实验室四个省部级研究基地与平台。

中国农业科学院农产品加工研究所是根据科技部、财政部、中编办国科发政字[2002]356号文件精神，在中国农业科学院原子能利用研究所学科调整基础上新组建的研究所，是中国农业科学院下属的唯一从事以食品为主的农产品加工技术研究与开发的国家级科研机构。

中国肉类食品综合研究中心是国内唯一的肉类食品专业性研究机构，是亚洲科研力量最为雄厚的肉类研究机构之一，常设国家肉类加工工程技术研究中心、国家肉类加工技术研发分中心、国家肉类食品质量监督检验中心、建设项目环境影响评价中心、亚太地区肉类科技培训中心、国家肉禽蛋标准化委员会畜肉制品分技术委员会秘书处、肉类加工产业技术创新战略联盟理事长单位及秘书处、国家农产品加工技术研发体系肉蛋制品加工专业委员会主任委员单位、中国创新驿站、肉类加工技术北京市重点实验室、北京市食品质量监督检验三站等机构。